壬辰倭亂을 겪은 지 5년만인 宣祖 29년에 太醫 許浚이 왕명을 받들어 儒醫 鄭?, 太醫 楊禮壽, 金應鐸, 李命源, 鄭禮男 등과 함께 局을 設하고 東醫寶鑑을 撰集하게 되었는데, 아직 완성을 보기 전에 다시 丁酉의 亂을 만나 諸醫들은 사방으로 뿔뿔이 흩어지고 그 일은 중단되었다. 그 후 宣祖가 內藏方書 500권을 내어 주며 許浚에게 단독으로 그 撰集을 완성토록 명하여 전후 10여년에 걸쳐 刻苦의 노력 끝에 光海君 2년에 이르러 그 業을 마치었다. 

本書는 內景, 外形, 雜病, 湯液, 鍼灸의 5大綱으로 분류하고 各 綱의 類에 따라 項을 列하였으며, 各 項의 類를 目으로 나누고, 各 項目 아래에는 그 項에 해당되는 病論과 方藥을 빠짐없이 採錄하였을 뿐만 아니라 그 出典을 밝혀 各 病證에 관한 古今의 治方을 일목요연하게 파악할 수 있도록 하였다.
本書는 출판된 후로 日本, 中國에 전하여 수차에 걸쳐 刊行되었으며, 中國板 凌魚의 序에 “天下의 寶를 천하와 함께 한 것이다”라고 하였고, 日本板 源元通의 跋에 “保民의 丹經이요 醫家의 秘?이다”라고 칭송하였다.
아마도 우리나라 사람의 저서로서 東醫寶鑑처럼 중국인이나 일본인에게 그렇게 널리 읽혀진 책은 없을 것이다. 또한 本書는 출간된 이후 줄곧 한국 의학계의 바이블이 되어 왔으며, 入門派, 回春派, 正傳派 등과 더불어 寶鑑派라는 한 학파를 형성하였다.
本書는 오늘날에도 한의학계의 중요한 서적으로 자리 매김하고 있으며, 몇 권의 번역서가 출판되었으나 모두 本書에 대한 정확한 校正없이 책의 내용을 번역한 것에 불과하다. 정확한 校正이 수반되지 않는 번역은 그 의미가 크게 축소될 수밖에 없다.
이 책은 동의보감을 이해하고 배우는 데 있어서 다음과 같은 이점을 통해 도움을 주고자 한다.

. 원문에 구두점을 찍고 아울러 東醫寶鑑에서 인용한 서적을 거꾸로 고찰하는 방법으로 誤字, 脫字, 衍文에 대해 고증함
. 序文과 集例에서 王과 관련하여 띄어 쓴 곳은 그냥 文意대로 붙여 표시
. 處方에서 藥의 修治는 작은 글자로 표기
. 또한 原文에 대한 注文이 원문과 구별이 잘 안 되는 것은 작은 글씨로 표기
. 本書에서 사용된 漢字(略字 혹은 異字)는 가능하면 모두 컴퓨터에서 사용하는 漢字 혹은 正字로 교체

 목   차  

精校 東醫寶鑑 目錄

內景篇 卷之一
東醫寶鑑 序 ⅰ
集例?歷代醫方 ⅱ

身形 1
精 19
氣 28
神 43

內景篇 卷之二
血 64
夢 81
聲音 88
言語 93
津液 97
痰飮 107

內景篇 卷之三
五臟六腑 122
肝臟 127
心臟 132
脾臟 137
肺臟 142
腎臟 147
膽腑 153
胃腑 155
小腸腑 159
大腸腑 161
膀胱腑 164
三焦腑 166
胞 169
蟲 184

內景篇 卷之四
小便 195
大便 215

外形篇 卷之一
頭 249
面 264
眼 273

外形篇 卷之二
耳 309
口舌 326
牙齒 337
咽喉 347
頸項 360
背 362

外形篇 卷之三
胸 365
乳 382
腹 388
臍 395
腰 397
脇 404
皮 409
肉 419
? 423
筋 431
骨 437

外形篇卷之四
手 440
足 446
毛髮 458
前陰 464
後陰 483

雜病篇卷之一
天地運氣 498
審病 512
辨證 519
診? 529
用藥 535
吐 544
汗 550
下 552

雜病篇卷之二
風 556
寒(上) 590

雜病篇卷之三
寒(下) 616

雜病篇卷之三
暑 641
濕 648
燥 655
火 657

雜病篇卷之四
內傷 675
虛勞 703

雜病篇卷之五
?亂 726
嘔吐 732
咳嗽 744

雜病篇卷之六
積聚 775
浮腫 793
脹滿 803
消渴 812
黃疸 822

雜病篇卷之七
?? 832
瘟疫 847
邪? 857
癰疽(上) 862

雜病篇卷之八
癰疽(下) 883
諸瘡 898

雜病篇卷之九
諸傷 928
解毒 943
救急 951
怪疾 957
雜方 960

雜病篇卷之十
婦人 972

雜病篇卷之十一
小兒 1020

湯液篇 卷之一
湯液序例 1086
水部 凡三十三種 1098
土部 凡十八種 1102
穀部 凡一百六種 1104
人部 凡二十三種 1113
禽部 凡一百七種 1116
獸部 凡二百三十六種 1123

湯液篇卷之二
魚部 1139
蟲部 凡九十五種 1143
果部 凡九十一種 1153
菜部 凡一百二十二種 1161
草部 凡七十九種 1171

湯液篇卷之三
草部 凡一百八十八種 1181
木部 凡一百五十六種 1201
玉部 凡四種 1218
石部 凡五十五種 1219
金部 凡三十三種 1225

鍼灸篇
鍼灸 1229
用語索引 1293
處方索引 1318
本草索引 1339
穴名索引 1347